Die Ausarbeitung und inhaltliche Entwicklung von konkreten Gesundheitszielen erfolgt in Arbeitsgruppen, in denen die beteiligten Akteure und (externen) Expertinnen und Experten zusammenarbeiten. Für jedes Gesundheitsziel wird eine eigene Arbeitsgruppe gebildet, die das breite Spektrum der beteiligten Institutionen und Organisationen widerspiegelt.
Seit dem Jahr 2000 sind zehn Nationale Gesundheitsziele entwickelt, teilweise bereits aktualisiert und publiziert worden.
Diabetes mellitus Typ 2: Erkrankungsrisiko senken, Erkrankte früh erkennen und behandeln* (2003)
Brustkrebs: Mortalität vermindern, Lebensqualität erhöhen* (2003)
Tabakkonsum reduzieren* (2003, Aktualisierung 2015)
Gesund aufwachsen: Lebenskompetenz, Bewegung, Ernährung* (2003, Aktualisierung 2010)
Gesundheitliche Kompetenz erhöhen, Patient(inn)ensouveränität stärken* (2003, Aktualisierung 2011)
Depressive Erkrankungen: verhindern, früh erkennen, nachhaltig behandeln* (2006)
Gesund älter werden* (2012)
Alkoholkonsum reduzieren* (2015)
Gesundheit rund um die Geburt (2017)
Patientensicherheit (2022)
*wurde 2015 in das Präventionsgesetz (§ 20 SGB V) aufgenommen