Das Projekt gesundheistziele.de entstand nach dem Beschluss der 72. Gesundheitsministerkonferenz (GMK) im Jahr 1999. Im Jahr darauf beauftragte das Bundesministerium für Gesundheit die GVG, das Projekt „Forum gesundheitsziele.de“ umzusetzen. Nach Ablauf der Modellprojektphase bildete sich 2006 der Kooperationsverbund gesundheitsziele.de.
Mehr als 140 Organisationen des deutschen Gesundheitswesens entwickeln seitdem nationale Gesundheitsziele. Der größte Erfolg des Projektes war 2015 die Aufnahme von acht nationalen Gesundheitszielen in das „Gesetz zur Stärkung der Gesundheitsförderung und Prävention (Präventionsgesetz – PrävG)“:
2017 kam das Gesundheitsziel „Gesundheit rund um die Geburt“ und 2022 das Gesundheitsziel "Patientensicherheit" hinzu.
Deutschland konnte mit seinem Projekt zu zahlreichen europäischen Nachbarn aufschließen, die bereits zuvor einen in ihren jeweiligen Ländern verankerten nationalen Zieleprozess aufgesetzt hatten.